NY DOKTORGRAD
Genetiske mekanismer i fosterutviklingen hos sebrafisk
 Foto: Privat |
«Regulatory mechanisms of non-coding RNAs during zebrafish embryogenesis».
I følge molekylærbiologiens sentrale dogme er rollen til RNA-molekylet først og fremst å bringe informasjon fra DNA til maskineriet som produserer protein. De siste årene har man imidlertid funnet flere nye klasser av RNA-molekyl med funksjoner knyttet til blant annet regulering av genenes uttrykk. Synet på RNA ble i stor grad endret med oppdagelsen av RNA-interferens (RNAi), en regulatorisk prosess som bruker ikke-kodende RNA-molekyler for å regulere uttrykk av gener etter transkripsjonssteget. Oppdagelsen av mikroRNA (miRNA) har synligjort mange regulatoriske egenskaper for RNA-molekyler og en ny sekvenseringsteknologi har gjort det mulig å identifisere tusenvis av nye ikke-kodende RNA-molekyler.
I avhandlingen har Chirag bidratt til å øke forståelsen av den biologiske betydningen ikke-kodende RNA-molekyl har i tidlige utviklingsstadier i virveldyr. I arbeidet har han gjort analyser av sebrafisk, en organisme som er godt karakterisert og mye brukt i studier av utviklingsbiologi. Studiene har fokusert på tre nye typer RNA; intrageniske transkripter, miRNA og snoRNA (små nuklolære RNA), og deres rolle i kritiske steg av fosterutviklingen.
Avhandlingen beskriver en dynamisk bruk av gen-promotorer under fosterutviklingen hos virveldyr. Transkripsjonsinitiering og påfølgende differensiering hos fostre er styrt av flere ulike RNA-avhengige prosesser. Det viser seg også at et hittil ukjent sett med RNA-transkripter som overlapper et sett med kjente gener, er aktivt med under fosterutviklingen. Avhandlingen beskriver en utbredt prosessering av intragenisk RNA, spesielt fra 5. intron, men også fra eksoner.
Avhandlingen foreslår en metodikk for beskrivelse av miRNA-promotorer i sebrafisk, bygget på likheter i funksjon på ulike nivåer, inkludert transkripsjon, post-transkripsjon og kromatin. Analyser presentert i avhandlingen viser at en uventet mengde markører for promotor-assosiert histonmodifisering overlapper pre-miRNA, noe som tyder på at disse er regulert på kromatin-nivå og at transkripsjonsmaskineriet er involvert i pre-miRNA-prosessering. En omfattende annotering av ikke-kodende RNA fra sebrafisk har blitt utarbeidet, og i den prosessen identifiserte vi et hundretalls nye snoRNA.
Personalia:
Chirag Nepal er oppvokst i Nepal. Han avla mastergraden ved Inha University i Nepal i 2004. I 2007 begynte han i en stipendiatstilling ved Institutt for informatikk og daværende Bergen Center for Computational Science, CBU.
Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
14.03.2013, kl. 14.15. Oppgitt emne: «Profiling and modelling gene expression at the level of single cells – bioinformatics challenges and opportunities».
Sted: Høyteknologisenteret, Thormøhlensgate 55.
Tidspunkt og sted for disputasen:
03.05.2013, kl. 12.15, Stort auditorium, Datablokken, 2. etg., Høyteknologisenteret, Thormøhlensgate 55.
Kontaktpersoner:
Chirag Nepal, e-post: nepalchirag116@gmail.com
Mediekontakt ved Kommunikasjonsavdelingen
E-post: mediekontakt[ætt]uib.no
Telefon: 55 58 89 00
Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. Avhandlingen er tilgjengelig i BORA. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.