NY DOKTORGRAD
Sammenligning av myke proteiner
 Foto: Denita Music |
"Methods for comparative analysis of the intrinsic motions of computational protein models".
Proteiner er en av de mest sentrale typer biomolekyler, involvert i biokjemiske prosesser i alle organismer. For å forstå hvordan proteiner fungerer i disse høyst forskjellige prosessene, er det nødvendig å analysere proteinenes form eller romlige struktur. Ikke minst er det nødvendig å forstå hvordan plastiske proteinstrukturer omformes eller deformeres når de reagerer med andre biomolekyler.
Eksperimentelle teknikker gir begrenset innsikt i slik plastisitet, og teoretisk modellering utgjør derfor et viktig komplement for å forstå hvordan proteinstrukturer kan deformeres i møte med interaksjonspartnere i organismen. Beslektet med dette er også proteinestrukturenes respons på mindre endringer i proteinets kjemiske komposisjon, som for eksempel den type endringer som oppstår ved genetiske mutasjoner.
Gjennom rene beregningsstudier har kandidaten bidratt i utvikling av metoder for å sammenligne proteindeformasjoner og anvendt slike metoder for å studere variasjon i struktur og plastisitet mellom proteinmodeller. Videre har kandidaten benyttet disse metodene til å validere teoretiske modeller for proteindeformasjon. Resultatene gir praktisk innsikt i hvilke metoder som er best egnet til å henholdsvis predikere og sammenligne deformasjoner. Mer grunnleggende gir arbeidet innsikt i hvilke strukturelle faktorer som påvirker hvordan proteiner deformeres som respons på mutasjon eller binding til interaksjonspartnere.
Personalia:
Edvin Fuglebakk ble født i Bergen i 1982. Etter å ha mottatt fagbrev som laborant, begynte han studier i informatikk ved Universitetet i Bergen i 2003. Han skrev masteroppgave innen fagområdet bioinformatikk. Høsten 2008 tiltrådte han som stipendiat ved institutt for informatikk, tilknyttet CBU (Computational Biology Unit). Hovedveileder for arbeidet har vært Nathalie Reuter ved Molekylærbiologisk Institutt.
Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
03.04.2013, kl. 13.15. Oppgitt emne: "Allostery and intrinsic disorders in transcription factors".
Sted: Seminarromet, CBU, 5. etg., Høyteknologisenteret, Thormøhlensgt. 55.
Tidspunkt og sted for disputasen:
29.04.2013, kl. 10.15, Stort auditorium, Datablokken, 2. etg., Høyteknologisenteret, Thormøhlensgate 55.
Kontaktpersoner:
Edvin Fuglebakk, tlf. 411 45589, e-post: Edvin.Fuglebakk@ii.uib.no
Mediekontakt ved Kommunikasjonsavdelingen
E-post: mediekontakt[ætt]uib.no
Telefon: 55 58 89 00
Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.