NY DOKTORGRAD
DNA-sekvensering skaper store datamengder
 Foto: René Tofte |
"Characteristics of Pyrosequencing Data - Analysis, Methods, and Tools".
Kartlegging av DNA er et viktig verktøy for å studere organismer eller biologiske systemer. Anvendelselsområdene er store, og teknologien benyttes innen mange områder av medisin og biologi. De første teknologiene for å sekvensere DNA ble utviklet for over 30 år siden, og har ført til en rekke fremskritt. Først i 2005 fikk vi et teknologisk gjennombrudd med 454 (nå Roche) sin pyrosekvensering, som ble den første såkalte "Next generation sequencing"-teknologien. Det gjorde det mulig å sekvensere DNA i langt større skala, og til lavere kostnad, enn tidligere.
De enorme datamengdene gjør at kvalitetssikring og annen analyse i hovedsak må gjøres av datamaskiner, og metodene som har blitt brukt tidligere lar seg ikke uten videre benyttes på nyere teknologier.
Balzer omtaler 454 sekvensering i sin helhet: Hvordan fungerer denne teknologien? Hva er fordeler og ulemper sammenlignet med andre - gamle og nye - teknologier? Hva er de typiske egenskapene og artefaktene vi finner i pyrosekvenseringsdata, og hvilken effekt har disse egenskapene og feilmønstre på analyser der dataene blir brukt? Hvordan kan vi fjerne lavkvalitetsdata, og hvilke verktøy finnes for hvilke anvendelsesområder? Hvordan kan vi teste effektiviteten som verktøyene yter? Og ikke minst: Hvordan vil 454 pyrosekvensering bli brukt i fremtiden?
Arbeidet tar seg for alle disse spørsmålene, samt en bred og omfattende oppsummering av hvor DNA-sekvensering brukes i dag.
Personalia:
Susanne Balzer ble født i den vesle byen Haltern i Tyskland. Hun begynte sine studier i datavitenskap ved Universitetet i Dortmund i Tyskland i 1999 og fikk mastergrad i 2005. Etter tre år i telekommunikasjonsbransjen flyttet hun til Bergen i 2008 der hun begynte som stipendiat på Havforskningsinstituttet med Ketil Malde som hovedveileder. Hun jobber i dag som GIS-seniorrådgiver på Fiskeridirektoratet i Bergen.
Tidspunkt og sted for prøveforelesningen:
27.05.2013, kl. 13:00. Oppgitt emne: "Sequencing technologies for metagenomics: History and recent developments".
Sted: Lille Auditorium, Høyteknologisenteret, Thormøhlensgate 55.
Tidspunkt og sted for disputasen:
17.06.2013, kl. 10:15, VilVite Auditorium, II etg., VilVite Science Centre, Thormøhlensgate 51.
Kontaktpersoner:
Susanne Balzer, tlf: 456 77 169, e-post: susanne.balzer@fiskeridir.no
Mediekontakt ved Kommunikasjonsavdelingen
E-post: mediekontakt[ætt]uib.no
Telefon: 55 58 89 00
Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for realfag. Avhandlingen er tilgjengelig i BORA. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte.