Universitetet i
Bergen : Doktorgrader : 2011
NY DOKTORGRAD Kroppens eget maskineri for folding av proteiner
“A computational approach for probing conformational dynamics, flexibility and allostery in the GroEL chaperone”. Det menneskelige genom gir oppskrift for omkring 23.000 ulike typer proteiner. Alle har sin spesifikke rolle i den enorme mengden av biologiske prosesser som til en hver tid foregår i kroppen vår. For at disse proteinene skal fungere, er det avgjørende at de er foldet på riktig måte. Mange proteiner trenger hjelp av store molekylære foldemaskiner for å folde seg riktig, og unngå feilfolding og sammenklumping. Slike foldemaskiner går under navnet molekylære chaperoner. Skjærven har studert molekylære chaperoner ved hjelp av detaljerte datasimuleringer i ulike trinn av foldingsprosessen. Simuleringene viser hvordan chaperoner endrer sin struktur for å åpne et kammer hvor det feilfoldete proteinet kan komme inn for å pakke seg til den riktige tredimensjonale strukturen. Strukturendringene i chaperonet skjer først etter at ATP, et energirikt molekyl, binder seg. I simuleringene ble det sett hvordan chaperonet påvirkes av ATP-binding, og hvordan denne hendelsen forplanter seg over store avstander internt i chaperonet. Dette er essensielt for reguleringsmekanismen i slike foldingsmaskiner. Å forstå slike interaksjoner og prosesser er av stor medisinsk relevans. I det kontinuerlige arbeidet med å utvikle legemidler som effektivt binder, hemmer eller stabiliserer proteiner, er datasimuleringer blitt en integrert del (til sykdommer som f.eks. HIV, Alzheimers, influensa osv). Skjærvens resultater gir viktig innsikt i grunnleggende egenskaper hos proteiner, hvordan de responderer på binding til mindre molekyler og hvordan slike prosesser kan studeres ved hjelp av beregningsvitenskaplige metoder. Prosjektet har vært integrert i Nanobasic-programmet på Universitet i Bergen. Personalia: Tidspunkt og sted for prøveforelesningen: Tidspunkt og sted for disputasen: Kontaktpersoner: Avhandlingen kan lånes på Bibliotek for medisinske og odontologiske fag. For kjøp/bestilling av avhandlingen, kontakt kandidaten direkte. |