NY DOKTORGRAD

Analyse av genetiske uttrykksprofiler

Bjarte Dysvik disputerer fredag 20. oktober 2006 for PhD-graden ved Universitetet i Bergen med avhandlingen:

“Development and application of methods for the analysis of microarray gene expression data”.

Mikromatriser er en teknologi som gjør det mulig å måle aktiviteten til et stort antall gener i en biologisk prøve. Ved å bruke slike matriser er det for eksempel mulig å studere forskjell i genaktivitet mellom ulike typer kreft eller å følge hvilke gener som blir uttrykt i en biologisk prosess. Avhandlingen presenterer både nye metoder som kan brukes i analyse av slike datasett, og resultat av biologiske studier som bruker mikromatriser.

Blant annet presenteres en metode som kan benyttes for å studere korrelasjonsstrukturer i datasett for best mulig å estimere verdier som av forskjellige årsaker er tatt ut. Det presenteres også en ny metode for utvelgelse av gener som kan benyttes for å klassifisere genuttrykkingsprofiler, for eksempel i forhold til kreftform og sykdomsprogresjon. Avhandlingen presenterer også resultat fra samarbeidsprosjekt med medisinske og biologiske grupper i Bergen. To studier har som mål å oppnå en bedre forståelse for munnhulekreft. Blant annet presenteres et søk etter genetiske uttrykksprofiler i munnhulekreft som skiller pasienter fra Sudan og Norge (der størstedelen av pasientene fra Sudan bruker sudansk snus). I et annet studium har vi sett etter gener som blir ”skrudd på” når lakselus-parasitter fester seg på laks og starter eggproduksjon. Dette studiet har ført til identifikasjon av flere gener som kan være utgangspunkt for utvikling av en treffsikker kur, og som dermed potensielt kan redusere bruken av antibiotika i oppdrettsnæringen. Avhandlingen inneholder også en beskrivelse av programvarepakken J-Express, som kandidaten har vært sentral i utviklingen av.

Personalia:
Bjarte Dysvik er født i 1974 og er oppvokst i Stavanger. Han avla cand. scient. graden i informatikk ved Institutt for informatikk ved Universitet i Bergen i 2002, og har de siste fire årene vært ansatt som stipendiat ved Institutt for informatikk (finansiert av Salmon Genome Project støttet av Norges Forskningsråd – NFR) og forskningsassistent ved Norsk Mikromatrisekonsortium (støttet av NFRs program for funksjonell genomforskning, FUGE).

Tidspunkt og sted for disputasen:
20.10.2006, kl. 10:00, Stort auditorium, rom 2144, Datablokken, Høyteknologisenteret, Thormøhlensgt. 55

Kontaktpersoner:
Bjarte Dysvik, tlf. 55 58 42 56 / 926 60 673, epost: bjarted@ii.uib.no
Formidlingsavdelingen v/ mediekontakt Monika Sandnesmo, tlf. 55 58 91 70 (a), e-post: monika.sandnesmo@form.uib.no

Avhandlingen kan lånes på Det matematisk-naturvitenskapelige fakultetsbibliotek. Avhandlingen er elektronisk tilgjengelig her: http://hdl.handle.net/1956/2005. For kjøp/bestilling av avhandlingen kontakt kandidaten direkte.