NY DOKTORGRAD
På vei mot en spiselig vaksine
 |
"Analysing the outer membrane subproteome of Methylococcus capsulatus (Bath) using proteomics and bioinformatics."
Studiet omhandler en kombinasjon av en dataprogram-basert og en laboratorie-basert fremgangsmåte for å finne bærerproteiner som kan brukes til å utvikle bakterien Methylococcus capsulatus til en spiselig vaksine. Denne bakterien har vist seg å ha mange bruksområder, og blir i dag brukt som proteinkilde i fiske- og dyrefôr. Bakterien er også en potensiell kandidat til utvikling av en spiselig vaksine, siden den ikke er farlig for dyr og mennesker. I den forbindelse har det vært viktig å kartlegge de proteinene i bakterien som er i kontakt med miljøet, og disse finnes typisk i den ytre membranen til bakterien. Disse proteinene kan brukes som bærere av proteinbiter (epitoper) fra skadelige bakterier og virus til overflaten av M. capsulatus. Ved å spise denne modifiserte M. capsulatus bakterien, vil det kunne være mulig for dyr, fisk og mennesker å utvikle immunitet mot mikroorganismen den innsatte proteinbiten kom fra. Vår bakterie vil da kunne fungere som en spiselig vaksine.
I dette doktorgradsarbeidet ble det utviklet et dataprogam som kan gjenkjenne potensielle bærerproteiner blandt de ca 3000 mulige proteinsekvensene funnet fra bakteriens DNA-sekvens (genom). Analysene gav 43 mulige kandidater. I tillegg benyttet vi også en eksperimentell fremgangsmåte i laboratoriet. Vi isolerte potensielle bærerproteiner fra bakterien og blant disse, ble ni av de 43 kandidatene som ble funnet av dataprogrammet identifisert. Disse ni proteinene bør derfor være gode kandidater som bærerproteiner siden de ble funnet ved begge fremgangsmåtene. Neste steg i prosessen vil være å teste enkelte av disse proteinene som bærere i M. capsulaltus for proteinbiter fra skadelige mikroorganismer, og forhåpentligvis kunne gjøre denne bakterien til en spiselig vaksine.
Personalia:
Frode S. Berven (f. 1976) er født og oppvokst på Jevnaker. Han tok hovedfag i molekylærbiologi ved Universitetet i Bergen i 2001. Doktorgraden ble finansiert gjennom Norges Forskningsråd, og ble utført ved Molekylærbiologisk Institutt og ved Institutt for Informatikk ved Universitetet i Bergen. Veiledere har vært prof. Ingvar Eidhammer (II) og prof. Harald B. Jensen (MBI). Berven er nå knyttet til Proteomikkplatformen i Bergen (PROBE) i en forskerstilling.
Tidspunkt og sted for disputasen:
21.01.2005, kl. 10:15, Stort auditorium (rom 2144), Datablokken, Høyteknologisenteret i Bergen (HiB), Thormøhlensgt. 55.
Kontaktpersoner:
Frode S. Berven, tlf 55 58 40 32, epost: frodeb@ii.uib.no
Formidlingsavdelingen v/ mediekontakt Mia Kolbjørnsen, tlf. 55 58 90 39 (a), e-post: mia.kolbjornsen@form.uib.no
Avhandlingen kan lånes på Det matematisk-naturvitenskapelige fakultetsbibliotek. For kjøp/bestilling: kontakt kandidaten direkte.